长门行动不便的原因主要有以下几点：

身体受伤：

长门在与山椒鱼半藏的战斗中，为了救出小南，主动扑向了握在长门手中的苦无上，导致双腿受了严重的伤无法再站立。在与半藏一战中，长门为了能够打败半藏召唤了外道魔像，这个过程中需要用自己的身体为它注入强大的查克拉，使得长门变得非常虚弱。

特殊能力的使用：

长门是“轮回眼”的拥有者，他的本体和外道魔像连接在了一起，背上插着钢管样的东西，这使得他的行动非常不便。为了弥补这一缺陷，长门通过轮回眼的力量召唤出了外道魔像，代替自己的双脚进行移动。

隐藏自己的真实身份：

长门为了隐藏自己的真实身份，选择使用佩恩六道傀儡来行动，这样可以减少他本人直接暴露的风险。

综上所述，长门行动不便主要是由于身体受伤和特殊能力的使用，这使得他需要借助外道魔像和佩恩六道傀儡来行动和战斗。