长门之所以残废，主要原因有以下几点：

使用外道魔像：

长门在与半藏的战斗中，为了保护小南，中了陷阱，双脚被起爆符缠上，导致双脚被炸焦。此外，外道魔像需要大量查克拉来支撑所有行动，长门因此被吸取了大量查克拉以及精血，导致身体严重受损。

轮回眼的力量：

长门的轮回眼是宇智波斑强行给他安上的，他先天的查克拉量并不足以完全驾驭轮回眼。通过召唤外道魔像已经伤其根本，这种情况是不可逆的。

身体负荷：

长门自己制作的佩恩六道需要他身上插着查克拉棒来控制，而佩恩六道的力量非常强大，这对长门身体来说是一种长期高强度的负荷，导致他显得特别瘦弱。

综合以上几点，长门的残废主要是由于使用外道魔像和轮回眼的力量，以及身体长期承受高强度负荷所致。