马相伯的政治思想主张可归纳为以下几个核心层面，综合其一生实践与理论贡献：

一、教育理念创新

科教兴国与高教优先

马相伯主张通过科学教育培养人才，强调"科学为父，人文作母"，认为科学追求真，人文追求善美，二者应并重。他反对传统教育以宗教教义或空疏理论为主，提倡"崇尚科学，注重文艺，不谈教理"，主张打破宗教对学术的束缚，培养具有独立人格和创新精神的人才。

教育方法革新

在震旦学院等教育机构，他倡导启发式教学，主张"挈举纲领，开示门径"，注重引导学生自主探索，而非灌输式教育。

二、政治主张演变

自上而下的改革

马相伯早期支持洋务运动，主张通过政府主导的改革实现国家富强，但后期认识到需借鉴西学，强调"发展军事"以应对外部威胁。

宪政民主追求

吸收西方宪政理论后，他主张维护民主共和，批判袁世凯的武人政治，倡导地方自治与权力制衡，虽受限于时代条件，但为宪政民主思想传播奠定基础。

救亡图存的核心

在民族危机深重时，他提出"团结抗日、一致对外"的口号，将科学、教育与爱国行动结合，成为时代强音。

三、哲学思想基础

神我宪政说

马相伯以中国传统神学为基础，结合西方政治理念，提出"神我宪政说"，强调个人自由与国家责任的平衡，主张通过宪法保障人权与民主。

人禽之辨与形我之辨

通过哲学思考，他将古典伦理与现代政治理念融合，提出"人禽之辨"（人类与动物的本质区别）和"形我之辨"（身体与精神的关系），为政治哲学提供新视角。

四、实践贡献

教育机构创建

创办震旦学院、复旦公学等多所高校，推动高等教育现代化，培养大批进步人才。

社会活动参与

积极参与清末新政、辛亥革命等历史事件，为推动政治变革贡献力量。

马相伯的思想体系以教育为根基，以宪政民主为核心，以救亡图存为目标，其跨时代价值至今仍对教育改革与政治发展具有启示意义。