应缴财政专户贷方有余额时，企业可以采取以下步骤进行处理：

提醒税务机关进行调整

企业首先应联系税务机关，提醒其对企业所得税进行适当调整。这可能包括申请折旧或税收抵免，以确保未来税费的缴纳更加平稳和合理。

及时补缴税费

企业需要尽快补缴剩余的税费，以避免未来产生滞纳金或罚款等额外费用。

调整到下一期

企业也可以选择将多余的税款调整到下一期，这样可以有效避免贷方余额的再次出现。

核算和监督

对于事业单位而言，应缴财政专户的贷方余额反映的是应当上缴但尚未交纳的款项。在核算和监督过程中，事业单位需要按预算外资金的类别设置明细账，并在全额上缴同级财政专户时进行相应的账务处理。

结余上缴

行政单位在取得预算外收入并定期结算预算外资金结余时，应按结余数将资金上缴至财政专户。具体的账务处理包括：借：预算外资金收入，贷：应缴财政专户款。

通过以上步骤，企业可以有效地处理应缴财政专户的贷方余额，确保税务合规并避免潜在的经济损失。