在《终极一班2》中，黑龙与断肠人分离的剧情发生在 第27集。以下是相关剧情的详细说明：

时空之门与断肠人消失

黑龙通过异能找到时空之门，耿烈用异能打开后，守护时空之门的断肠人出现。由于契约完成，断肠人将永远消失，黑龙因此悲痛告别。

黑龙假扮断肠人

为调查断肠人失踪原因，黑龙假扮成断肠人潜入芭乐高中当校工，利用汪大东的信任达成目的。

校工室事件

在校工室内，黑龙发现令团长丢失的怀表，但耿烈的隐藏身份被怀疑。令团长被绑架时，黑龙因发现怀表上的字迹“老弟对不起”而陷入回忆，意识到十年前的事件与未来金时空的命运相关。

综上，黑龙与断肠人正式分离的标志性情节出现在第27集。