柯南剧场版的观看顺序如下：

《计时引爆摩天楼》

《第14个目标》

《世纪末魔术师》

《瞳孔中的暗杀者》

《通往天国的倒计时》

《贝克街的亡灵》

《迷宫的十字路口》

《银翼的魔术师》

《水平线上的阴谋》

《侦探们的镇魂歌》

《绀碧之棺》

《战栗的乐谱》

《漆黑的追踪者》

《天空的遇难船》

《沉默的15分钟》

《第11位前锋》

《绝海的侦探》

建议按照漫画时间线顺序以及当时的人物关系来观看，也可以根据个人喜好选择合适的顺序。如果希望更深入地了解剧情，建议配合TV版观看。