机械哥斯拉失控的核心原因是基多拉的残留意识干扰。以下是具体分析：

基多拉意识植入

机械哥斯拉的制造涉及将基多拉的DNA和部分骨架植入其身体，并保留基多拉头骨的一部分用于控制。这种设计使机械哥斯拉能够通过灵能感应被驾驶员操控。

意识冲突与反叛

基多拉的残留意识在机械哥斯拉获得能量后苏醒，与人类驾驶员产生冲突。基多拉曾作为哥斯拉的对手存在，对其他巨兽具有敌意。当它意识到机械哥斯拉可能威胁到哥斯拉的生存空间时，便主动干扰机械哥斯拉的控制系统。

自我意识觉醒

机械哥斯拉的失控还与其自我意识觉醒有关。若仅仅是机械故障，其表现应为“婴儿般”的原始攻击模式，而非电影中展现的“天生战斗机器”形态。这表明其意识层面已发生根本性变化。

剧情推动的关键节点

基多拉的复活与机械哥斯拉的失控形成时间重合，进一步佐证了两者之间的因果关系。基多拉的回归引发哥斯拉的警惕，导致机械哥斯拉在战斗中失去控制。

综上，机械哥斯拉的失控是基多拉意识残留与自我觉醒共同作用的结果，而非简单的系统故障。这一设定也暗示了人类对巨兽力量的误用可能引发更严重的后果。