在新还珠格格中，小燕子的身份和紫薇的真实身份被皇上知道的具体情节发生在 第49集。以下是相关细节：

身份暴露的导火索

皇后向太后报告要封紫薇为贵人，太后为维护皇室颜面，提议让小燕子（紫薇）与蒙古联姻。此时，塞娅坚持选择尔康为驸马，迫使众人不得不向皇上揭露真相。

身份揭露的情节

在第49集中，太后同意了小燕子与蒙古的婚配，但要求先调查其身份。小燕子、紫薇和金琐被关入宗人府调查期间，太后安排他们参与皇家宴会。在宴会上，小燕子与尔康的互动、紫薇的机敏表现，以及太后对紫薇的怀疑，最终让皇上意识到紫薇的身份。

后续发展

皇上震惊后，开始调查紫薇的身世，最终确认她与尔康有婚约，并展开了一系列剧情发展。

综上，小燕子的身份和紫薇的真实身份被皇上知道的关键情节集中在第49集。