《名侦探柯南》中黑衣组织出场的集数包括：

1. 第1集《云霄飞车杀人事件》

2. 第54集《电玩公司杀人事件》

3. 第128集《黑衣组织十亿元抢劫事件》

4. 第129集《来自黑衣组织的女子》

5. 第176集《与黑衣组织的再会（灰原篇）》

6. 第177集《与黑衣组织的再会（柯南篇）》

7. 第178集《与黑衣组织的再会（解决篇）》

8. 第226集《格斗游戏的陷阱（上集）》

9. 第227集《格斗游戏的陷阱（下集）》

10. 第230集《神秘的乘客（前篇）》

11. 第231集《神秘的乘客（后篇）》

12. 第258集

13. 第271集《隐藏匆忙中的省略（前篇）》

14. 第272集《隐藏匆忙中的省略（后篇）》

15. 第286集《工藤新一NY事件（事件篇）》

16. 第288集《工藤新一NY事件（解决篇）》

17. 第289集《光彦森林迷失记（前篇）》

18. 第290集《光彦森林迷失记（后篇）》

19. 第307集《遗留的无声证言（前篇）》

20. 第308集《遗留的无声证言（后篇）》

21. 第309集《与黑衣组织的接触（交涉篇）》

22. 第310集《与黑衣组织的接触（追踪篇）》

23. 第311集《与黑衣组织的接触（决死篇）》

24. 第345集《与黑衣组织正面对决 满月之夜的双重谜案》

25. 第425集《黑暗冲击!》

26. 第579集《黑与13的暗示》

27. 第580集《逼近的黑色时刻》

28. 第581集《红色的摇摆目标》

29. 第638集

请注意，这个列表可能不是完整的，因为《名侦探柯南》是一部长期连载的动画，集数众多，而且可能会有新的集数加入。如果您需要更详细的信息，建议直接查看动画的官方剧集列表或者观看动画。